动脉化疗后常出现恶心、呕吐、食欲减退等消化道反应，一般可持续5-7天。腹腔动脉或肝动脉灌注时，化疗药物返流人胃、十二指肠动脉，可引起胃炎或胃溃疡等并发症。肝动脉灌注化疗药物也可引起肝功能暂时性损伤，但一般均能较快恢复；也可能引起肾功能轻度损害。另外，多次大剂量的动脉灌注还可以引起骨髓抑制。
　　 由于插管所致的并发症有：动脉内膜损伤，动脉夹层、动脉狭窄或动脉阻塞以及动脉瘤形成等。